2007年4月12日、早稲田大学OBの森喜朗元首相と北京大学OBの李肇星元中国外交部部長の立ち会いのもと、中国国家漢語国際推広領導小組弁公室を代表して王毅（元駐日本特命全権大使）と白井克彦（元早稲田大学総長）は早稲田大学孔子学院設立協定書に調印し、早稲田大学に世界初の「研究型」孔子学院が設立された。
さらに2007年11月12日、白井克彦（元早稲田大学総長）と許智広（北京大学学長）は東京で孔子学院設立実行協議に調印した。蔡天凱駐日特命大使をはじめ両校の責任者ならびに教師、学生代表の約300名が調印式に参加した。調印式の当日には早稲田大学孔子学院にて第一回理事会が開催された。会議では、孔子学院院長の任命式および、早稲田大学孔子学院の設立経費、2007年、2008年の事業計画・事業予算について討議された。
早稲田大学孔子学院の中国側のパートナーは北京大学であり、孔子学院は「早稲田大学・北京大学研究共同センター」という基本案をもとに、主に以下の事業展開を企画した。
- 北京大学を中心に中国の各専門分野から著名な研究者を招聘し、早稲田大学の大学院生を対象に中国研究の講義を開催する。
- 早稲田大学の学生に専門中国語講座、及び、中国思想文化についての講座を開催する。
- 中国問題を研究する日本の若手研究者を北京に招へいし、北京大学で共同研究を行う。
- 上級レベルの中国語学習者を対象とする中国語教授法、及び中国語教材研究開発の共同事業を実施する。
- 北京大学の関係機関、及び研究者と共同して中国研究の国際シンポジムを開催する。
