「中国北京大学および日本早稲田大学による早稲田大学孔子学院に関する協定書」（2021年4月21日に締結）に基づき、以下の組織体制および管理を定めています。
- 孔子学院の最高管理機関及び意思決定機関は理事会であり、両大学が共同で理事会を構成し、原則として理事は8名（北京大4名、早大4名）となります。理事8名の中から、北京大学と早稲田大学、両者からそれぞれの役職に各１名ずつ理事長と院長が任命されます。
- 孔子学院の事業年度は、毎年１月1日から12月31日までとします。理事会は、孔子学院の発展計画及び管理制度を作成し、各事業年度の事業計画を策定します。理事会は、各事業年度の孔子学院予算案、決算案及び活動報告を承認します。
- 孔子学院長は、孔子学院の日常管理、人員構成、孔子学院の設置理念及び事業内容に基づいた交流活動を執行します。早稲田大学国際部に事務局（所在地：日本国東京都新宿区西早稲田1-17-14）を設置し、事務処理業務を担当します。
- 北京大学は、孔子学院の各事業年度の基本活動経費および事務局経費を支給します。早稲田大学国際部は、事務局として、その、運営資金を管理します。
- 孔子学院の予算は、あらかじめ理事会で承認した事業年度の予算の範囲内で行うこととし、各支出の執行には北京大学、早稲田大学それぞれの孔子学院長の審査及び承認が必要となります。
- 2021年11月時点の組織運営体制
【理事会】
理事長2名（北京大学、早稲田大学専任教員から各１名）
院長2名（北京大学、早稲田大学専任教員から各１名）
理事4名（北京大学、早稲田大学専任教員から各2名）
【事務局】
早稲田大学：早稲田大学国際部内に設置し、本学国際部の専任職員が管理運営業務を担当します。なお、早稲田大学孔子学院は、「中国北京大学および日本早稲田大学による早稲田大学孔子学院に関する協定書」（2021年4月21日に締結）に基づき、日中の学術交流を促進し、人文・社会科学を中心とした中国関連の共同研究を促進する「研究型孔子学院」です。教育活動を行ってないため、孔子学院の活動に係る教員は雇用しておりません。
北京大学：北京大学国際合作部内に設置し、管理運営業務を担当します。
