早稲田大学孔子学院の発展目標は、中国両国間の学術交流の発展をより一層推し進めること、そして、中国語、中国文化及び中国社会の教育と研究を促進し、日中両国国民の相互理解を深めることにある。
今現在では、次の計画の推進に力を入れようとしている。

中国研究最前線シリーズ科目
早稲田大学中国問題を研究している大学院生を支援するために、北京大学を中心に、毎年中国から数人の有名学者を招聘し、早稲田大学で院生向けのゼミを行う予定。授業に使用する資料及び講演の内容をできるだけ論文集の形で出版する。

中国言語文化講座
中国で授業を受ける時に必要な語学力、また中国で生活する時に必要な社会文化知識を身につけさせるために、中国へ短期また長期留学を希望する早稲田大学高学年級学生を対象に、中国に留学に行く前の上級レベル中国語講座及び中国語文化講座を行う予定。
それ以外に、早稲田大学教師及び院生を対象とする学術交流のための中国語講座を開講する予定。

両校共同研究プロジェクト
専門家による審議を行った上、日中両国友好協力関係の促進に役に立つとみられる両校共同研究プロジェクトに助成制度を実行する。両学研究者の間の双方向的な交流、友好協力の土台を築くことを期待している。近いうちに、優先的に助成すると考えるのは「中国事情」シリーズ教材の開発、中日思想文化の比較研究、中日友好交流史研究などの研究分野。

国際学術シンポジウム
日中両国研究者の間の交流を促進するために、定期的に国際シンポジウムを開催する予定。今現在「辛亥革命と日本」、「中日環境協力」、「東アジア共同体構築」などの議題を企画している。